מגידו יושבת על תל אשר שטחו כ-60 דונם ופסגתו גבוהה בכ-40-60 מטרים ממישור העמק אשר למרגלותיו. מקום התל בשוליים המערביים של עמק יזרעאל בכניסה הצפונית לוואדי ערה, כקילומטר וחצי מצפון לשער המוצא מעמק עירון לעמק יזרעאל. האתר ממוקם בין שני מקורות מים. עיר הממלכה הקדומה נבנתה בנקודה אסטרטגית חשובה - פרשת דרכים החולשת על צומת דרכים ראשי של שני נתיבי סחר בינלאומיים חשובים ביותר באותם זמנים:

דרך מדרום מזרח לצפון מערב אשר חיברה את פיניקיה עם דרך ההר הבינלאומית.
דרך הים (העוברת בנחל עירון וממשיכה לרמת הגולן ולדמשק) הוליכה ממצרים לסוריה ומסופוטמיה.
מיקום העיר הוא שקבע מלכתחילה את חשיבותה המסחרית והאסטרטגית. שמו של התל היה תל אל-מותסלם (תל המושל). שמה הקדום של מגידו אבד ברבות השנים. באמצע המאה ה-14 זיהה אשתורי הפרחי אשר התגורר מספר שנים בבית שאן את התל כמגידו הקדומה. זיהוי נוסף נעשה במאה ה-19 על ידי אדוארד רובינסון אשר היה חוקר ארץ ישראל.

 

ממצאי החפירות ותעודות מצריות קדומות הראו שההתיישבות במגידו החלה באלף הרביעי לפנה"ס (התקופה הכלכוליתית). בראשית האלף השלישי לפנה"ס (תקופת הברונזה הקדומה) הייתה מגידו עיר שהוקפה בחומה אדירה. כמו כן, נתגלה כי באלף השני לפנה"ס הייתה מגידו אחד מן המרכזים השלטוניים המצריים החשובים בארץ ישראל.

 שמה של העיר מגידו מופיע לראשונה בקבוצה השלישית של כתבי המארות מימי השושלת ה-12 אשר שלטה במצרים במאה ה-19 לפנה"ס ובמאה ה-20 לפנה"ס. מגידו נהנתה מיחסים קרובים עם מלכי השושלת, ולכן כנראה אינה מוזכרת בכתבי המארות המכילים קללות שיועדו לערים רבות אחרות באזור.[1] מגידו נזכרת לראשונה בתעודה מצרית מימי פרעה תחותמס השלישי אשר שלט במצרים במאה ה-15 לפנה"ס, שבה מסופר על מלחמה בין פרעה למלכי כנען, והיא נכללת בין הערים אשר כבש.[2] העיר הפכה במהרה למעוז מצרי. מגידו מופיעה במכתבי תענך המתוארכים לשנים 1470–1550 לפנה"ס לערך. ממכתב מס' 5 אפשר להבין שמגידו הייתה עיר מרכזית. במכתבי אל-עמארנה השתמרו שמונה מכתבים בהם מוזכרת מגידו או בירידיה שליט העיר. המכתבים הם א"ע 234, 242, 243, 244, 245, 246, 248 ו-365. התכתובת עוסקת בניסיונות הפלישה של לבאיה שליט שכם, לתחום שלטונה של מגידו, והמאבק שמנהל בירידיה נגדו עד שהוא מצליח להדוף אותו. לפי מכתב 248 כנראה נכללה תענך בתחום ממלכתו של בירידיה. באחד מהם לדוגמה מתלונן בירידיה שליט מגידו שמאז שצבא העזר המצרי עזב את העיר שליט שכם לבאיה מתנכל לעיר.

שם העיר מגידו מופיע בתנ"ך 12 פעמים. העיר מגידו הייתה בתחום שבט מנשה ומוזכרת בהקשר אי הצלחת השבט להוריש את העיר (שופטים פרק א' פסוק כ"ז). בימי המלך שלמה הפכה העיר למרכז הנציבות והעיר מוזכרת בהקשר של פעולות הבניה אשר שלמה ביצע בעיר. העיר מוזכרת גם במקורות אשוריים וארמיים.

מקום העיר מגידו היה בלתי ידוע[דרוש מקור] למחבר חזון יוחנן (הספר האחרון בברית החדשה), והוא בחר במגידו כמקום הקרב האחרון בין כוחות הטוב והרע וכך נולד הביטוי ארמגדון של האפוקליפסה (חזון יוחנן ט"ז, ט"ז).